アプリケーション(導入&サポート済み) 対象
cellranger scRNA-seq
seurat scRNA-seq
PICRUSt RNA-seq
EdgeR(予定) RNA-seq
   
アプリケーション(導入済み) 対象
 cellranger  scRNA-seq
MEME  ChIP-seq、ATAC-seq
 bowtie  ChIP-seq
 bowtie2  ChIP-seq、ATAC-seq
 bwa  ChIP-seq、ATAC-seq
 cufflinks RNA-seq 
 Cytoscape  NGS全般
 FastQC  NGS全般
 HOMER  ChIP-seq、ATAC-seq
 idr  ChIP-seq、ATAC-seq
 IGV  ChIP-seq
 MACS2  ChIP-seq、ATAC-seq
ngsplot ChIP-seq、ATAC-seq
samtools NGS全般
seqtk NGS全般
sratoolkit NGS全般
tophat RNA-seq
RSEM RNA-seq
STAR RNA-seq
trim_galore NGS全般
young_computation-rose ChIP-seq、ATAC-seq
HINT ChIP-seq、ATAC-seq
bedtool NGS全般
   
Rパッケージ(導入済み) 対象
Seurat scRNA-seq
Monocle scRNA-seq
Monocle2 scRNA-seq
Monocle3 scRNA-seq
Velocyto scRNA-seq
LIGER scRNA-seq
sva scRNA-seq
SCENIC scRNA-seq
scran scRNA-seq
bioconductor全般 NGS全般